Да, можно и в любом количестве. Важно, чтобы все интернет-магазины были оформлены на одно и то же юридическое лицо (ИП), на которое оформлена контрольно-кассовое оборудование.
В остальном, все зависит от возможностей кассового аппарата, сколько чеков он способен пропустить. Например, если один магазин из нескольких пробивает 6 000 чеков в день, то это близко к перегрузу. В противном случае можно подключить еще одну ККТ.
Представим, что у предпринимателя интернет-магазин и несколько личных кабинетов интернет-эквайринга, допустим, он заключил 60 договоров со Сбером (60 интернет магазинов = 60 лицевых счетов в Сбере).
Каждый магазин имеет свой интернет-эквайринг, всех их можно подключить на один личный кабинет сервиса фискализации, но при условии, что это одна организация. Если организаций много, то на каждую понадобится отдельная контрольно-кассовая техника.