Да, можно, в любом количестве. Важно, чтобы все интернет-магазины были оформлены на одно и то же юридическое лицо (ИП), на которое оформлено контрольно-кассовое оборудование.
Остальное зависит от кассового аппарата, того, сколько чеков он способен пропустить. Например, если один магазин из нескольких пробивает 6 000 чеков в день, то это близко к перегрузу и лучше подключить еще одну ККТ.
Представим, что у предпринимателя интернет-магазин и несколько личных кабинетов интернет-эквайринга. Он заключил 60 договоров со Сбером (60 интернет магазинов = 60 лицевых счетов в Сбере). У каждого магазина свой интернет-эквайринг, всех их можно подключить на один личный кабинет сервиса фискализации, при условии, что это одна организация. Если организаций много, то на каждую понадобится отдельная контрольно-кассовая техника.